Hallo Nicolas,
im ersten Moment habe ich mich gefragt, warum du dich so abmühst, wo es doch so hübsche Plugins für mehrsprachige Websites gibt. Aber nun ist das eben so …
Um bei einem Theme-Update nicht alle Änderungen überschrieben zu bekommen, solltest du ein Child Theme in Erwägung ziehen.
Den Code, den du angegeben hast, solltest du problemlos in dem Template unterbringen können, in dem auch das Header-Widget eingebunden wird. Also unterhalb von
<div id="header>
<div class="wrap">
…
</div><!-- // #wrap -->
