Welche Version von NGG? Die 2.x-Versionen scheinen sehr buggy zu sein ... außerdem handelt es sich um einen kompletten Rewrite, da scheint es einige Probleme zu geben. Nicht alle Lightbox-Skripte, die anwählbar sind, sind auch bei dem Plugin dabei.
Ohne die genaue Konfiguration zu kennen (welches Lightbox-Skript ist ausgewählt, welches ist auch installiert?) können wir leider nicht weiterhelfen.
Da Du bereits alles gelöscht hast, wurden auch sämtliche Plugin-Daten mitgelöscht, also musst Du sowieso neu anfangen.
Hier die Supportseite von NGG dazu:
http://www.nextgen-gallery.com/galleries-opening-lightbox/
Gruß, Torsten