Das grundsätzliche Problem ist von mir schon gemeldet worden:
https://core.trac.wordpress.org/ticket/28303
Ohne jetzt dein Problem an der Wurzel zu lösen, könntest Du mit diesem Plugin von Bernhard das Problem vielleicht umgehen können:
https://github.com/2ndkauboy/textdomain-overwrite
Du könntest es auch mit diesem Filter versuchen:
add_filter( 'auto_update_translation', '__return_false' );
Siehe: http://codex.wordpress.org/Configuring_Automatic_Background_Updates#Translation_Updates_via_Filter
Gruß, Torsten