In WP 3.9 hat sich die TinyMCE-Komponente aktualisiert, daher hilft es ggf. mal den cache zu löschen, da dort vielleicht noch die alten Dateien liegen.
Plugins die auf TinyMCE aufbauen können durch das Update natürlich auch Probleme bereiten. In der Master List wird wo etwas gesammelt:
https://wordpress.org/support/topic/wordpress-39-master-list?replies=6#post-5475071
Gruß, Torsten