Das Problem war wirklich ein ganz blöder Fehler: Hab in meiner JS-Datei bestimmte IDs und Klassen für das Ajax-nachladen angegeben, die ich für das Template im Code geändert habe (sprich: meine Templates unterschieden sich nur in den angegebenen IDs/Classes). Hab den Ordner mit den Scripten völlig vergessen, da die Dateien nicht im Wordpress Editor angezeigt werden und ich mir immer noch nicht erklären kann, wieso mein Loop nach Laden neuer Artikel plötzlich die richtige Klasse zugewiesen bekam.
Aber hauptsache es funktioniert jetzt (beide Loops haben nun die selbe ID sowie zwei Klassen) :)